Le conoscenze di cui si dispone sulla biodiversità dei sistemi fluviali in Italia è ancora decisamente inadeguata. Mentre sulla presenza e distribuzione di specie di vertebrati e di piante superiori le informazioni sono decisamente adeguate (anche se non sempre aggiornate), i dati che riguardano i popolamenti algali e le comunità di invertebrati dei fiumi e degli ambienti acquatici perifluviali sono decisamente più scarsi. Gli studi finora condotti evidenziano, comunque, valori elevati della biodiversità dei nostri ambienti fluviali: è ciò che si osserva nei corsi d’acqua in condizioni vicine alla naturalità, come in alcuni torrenti alpini o appenninici, ma anche nel caso dei tratti di pianura di fiumi che non siano soggetti a pesanti pressioni antropiche.